《指引》指出，办理污染环境刑事案件需树立“全面客观”“依法规范”“证据裁判”三个原则，合法、科学、规范、全面、客观收集、固定、审查、运用证据，将证据作为事实认定和法律适用的基础，确保办案质量和办案效率相统一。
《指引》明确，应重视收集审查犯罪客观方面的证据，查明污染物的具体种类，证明犯罪嫌疑人实施了排放、倾倒或者处置行为，且符合《关于办理环境污染刑事案件适用法律若干问题的解释》列明的“严重污染环境”“情节严重”“情节特别严重”的情形。同时强调，应注意判断环境污染与排放、倾倒、处置行为之间因果关系。
《指引》要求，办理污染环境刑事案件还应收集、审查刑事责任能力相关证据，准确区分单位犯罪和自然人犯罪。查明行为人犯罪动机、目的及预谋情况等。存在主观罪过方面辩解时，应当重视收集、审查任职情况、职业经历、专业背景、培训经历、本人因同类行为受到行政处罚或者刑事追究情况以及污染物种类、污染方式、资金流向等方面的证据，结合其他证据，进行综合分析判断。
《指引》指出，要全面收集、审查证明污染环境犯罪嫌疑人法定、酌定量刑情节的证据，包括自首、共同犯罪地位作用、认罪认罚《AppStore下载官方》、修复生态环境等从宽情节的证据，以及前科劣迹等从重情节的证据，确保案件定罪准确、量刑适当。
