据新疆文物考古研究所所长李文瑛介绍，近五年来新疆石器时代考古研究重点以通天洞遗址为主。2019年至2022年在洞外清理出大量遗迹，洞内清理出距今约8900至13000年的层位，进一步完善了新疆石器时代考古的年代框架，证实了早期东西方人群的迁徙与文化技术的扩散交流。
历史时期的考古研究主要以城址考古为主，“两汉西域都护府军政建制体系考古”取得突破，奎玉克协海尔古城城内高台的持续发掘，《金博体育注册登录》揭示出城址建造和使用的四个不同时期内建筑材料、构筑方式及建筑结构变化，展示了塔里木盆地北沿绿洲文明由聚落到城邦，再到纳入中央王朝统一治理的历史
北庭都护府军政建制体系多年的考古工作，厘清了北庭故城的沿革历史与布局规律。唐朝墩遗址的发掘清理出唐代至元代时期的院落、佛寺、景教寺院、浴室等遗迹，吐鲁番西旁景教寺院遗址出土了包括壁画以及汉、回鹘、叙利亚文字遗存在内的大量遗物，反映了遗址繁盛的社会经济和多元融合的文化面貌。
李文瑛称，在新疆古代宗教遗存考古学研究方面，除奇台县唐朝墩、吉木萨尔县北庭故城外，喀什市莫尔寺遗址、吐鲁番市西旁景教遗址的发掘工作也获得重要进展，实证了新疆多民族聚居、多文化交流、多宗教并存的历史史实。
