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  该国际协作团队借鉴物理学、地理学、经济学等多个跨学科领域的数学模型,开创性开发三维时空建模工具包Spateo,使空间转录组学技术能够精细地重构器官三维结构、系统地量化时空动态过程。

  Spateo工具包提供多种算法选择,具备三维重建、区域数字化、细胞间相互作用推断、“形态计量向量场”以及用于交互式操作的可视化界面等独特优势。为验证其性能,研究团队以小鼠胚胎和果蝇发育的研究为例,探索三维空间中随时间变化的器官生态形成机制,并构建小鼠胚胎发育的“3D分子全息图”,证实Spateo将显著提高人们对发育过程中器官形成的理解。

  如果说以往的时空算法工具包更多的是辅助研究者观察数据,Spateo则具备系统性的统计能力与强大的分析能力。更具创意的是,Spateo的三维重建算法在拓展到两个甚至多个完成重建的三维《SG飞艇全天计划免费版》胚胎的配准工作时,能够自然地捕捉跨时间点的细胞迁移、凋亡和分裂分化事件。该方法在细胞层面完美解决了胚胎形态发生学的关键问题,为后续的形态计量算法奠定坚实基础。

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  本报记者 卡耐基 【编辑:汤汉 】

  

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